洪武二十年（1387年）朱元璋觉得常设锦衣卫这种法外的特务机关确实不太合适，于是下令焚毁锦衣卫刑具，所押囚犯转交刑部审理；同时下令内外狱全部归三法司审理，将锦衣卫废除。
朱棣在靖难之役中用武力非法推翻了建文帝政权，在南京自行登基，改元永乐，是为明成祖永乐皇帝。有明一代对永乐政权的合法性异议纷起。一方面建文帝未死的流言不时出现，另一方面朝廷中的很多大臣对新政权并不十分支持。而朱棣亦对朝廷大臣多不信任。
朱棣为了监察百官，先是恢复了锦衣卫制度，并由北镇抚司专门处理诏狱。同时又觉得宫外的锦衣卫使用起来并不是很方便，于是决定建立一个新的机构。在朱棣起兵的过程中，一些宦官和和尚出过很大力（如著名的郑和、道衍），所以在他心目中，还是觉得宦官比较可靠。
永乐十八年（1420年）十二月，明成祖朱棣一反太祖不许重用宦官的禁令，决定内待为主导，设立一个“东缉事厂”即东厂。
东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂公或督主，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。通常以司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任，其官衔全称为“钦差总督东厂官校办事太监”，简称“提督东厂”。
东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”。职能上和锦衣卫有类同之处，但是锦衣卫的首领称为指挥使（或指挥同知、指挥佥事），一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任。属于外臣。
而东厂首领是宦官，即内臣。总之东厂与锦衣卫一方是内臣，一方是外臣，皇帝有意让他们互相牵制，相互监督。
有意思的是东厂入内摆设有大幅岳飞画像，提醒东厂缇骑办案毋枉毋纵。
较之锦衣卫，东厂不仅在机构及人员配置上更加精干合理，而且在侦缉行动上制订了相当严密的制度。
每月初一东厂都要集中布置当月的侦缉工作，厂役在东厂内抽签决定所负责的地盘。东厂厂役的工作种类都有特殊的名称。例如监视朝中各部官员会审大狱及锦衣卫拷讯罪犯者名为“听记”，在各处地方官府访缉者名为“坐记”，还有某位官员有何举措，或某城门捕得要犯，胥吏记录上报东厂者名为“打事件”。
由于东厂的最高执事人员是皇帝身边的内待，东厂的权势很快就超过了锦衣卫，锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达；皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系。在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
明宪宗成化年间成立了一个新的内廷机构——西缉事厂。其势力甚至超过了老前辈东厂，但因为过于骄横跋扈，屡兴大狱，弄得举朝上下人心惶惶，仅成立5个月后就被撤销，明宪宗在位时又恢复西厂。明武宗继位后，大太监刘瑾掌权，宦官势力再度兴起，西厂复开，刘瑾倒台，武宗才下令撤销西厂。西厂作为一个临时产品，就这样在历史上永远地消失了。
锦衣卫，西厂，东厂，是明朝皇权绕过体制实现直接统治的工具，其权力毫无限制，其手段极其残酷，兴盛之时，发生过种种悚然听闻的案件——
京城四人于密室夜饮，一人酒酣耳热，大骂魏忠贤，其余三人不敢出声。骂者话音未了，突有隶役数人冲入，捉四人面见魏忠贤，魏下令将骂人者当场剥皮，另三人赏钱放回。生还者吓得魂飞魄散，险成疯疾。
魏忠贤称九千五百岁，又封上公，看似跟皇帝差不多了，却又能如何？孰不知武宗时期掌控西厂的大太监刘瑾被民间称为“立皇帝”，然而武宗要惩办他时，只是写了一道手谕递于宫门之外，刘瑾立刻被牵于西市，处以磔刑。
天启七年（1627）八月，天启帝因为在太液池中坠水，得了肺炎，病至大渐时，便召五弟信王朱由检入卧室，说：“来，吾弟当为尧舜。”八月十一日，天启驾崩于驾崩于乾清宫。信王朱由检随即（八月二十四日）登基。
初登帝位的崇祯对于厂臣魏忠贤还是十分忌惮，九月初一，魏忠贤提出辞去东厂提督这一实权职位时，崇祯还假意挽留，温言抚慰。而在十月初，他却勒令阉党中的要员兵部尚书崔程秀辞职。这一举动是少年天子施放出的第一个信号。
于是，许多官员闻风而动，攻击的矛头也开始直指魏忠贤。十月二十六日，嘉兴贡生钱嘉征上疏，公开声讨魏忠贤的“十大罪状”——“并帝、蔑后、弄兵、无君、克剥、无圣、滥爵、滥冒武功、建生祠、通关节。”崇祯帝把魏忠贤召入内廷，让内官把奏书读给他听。
魏忠贤惊惧不已，连连谢罪，而面前的皇帝却不置可否，似乎在玩味这位老奴的表情。
此时的崇祯不再是信王，他已经完全适应了皇帝这个位置，要以主人的心态整治这个权势熏天的刁奴了！
魏忠贤只好托病不朝，并上疏辞去爵位、诰券、田宅。崇祯则全部批准，此时朝中大臣皆知阉党土崩在即，争上弹章，列数魏忠贤的罪状。崇祯先是拖了一段时间，见时机已到，就下旨洋洋洒洒的痛批魏忠贤：
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