公元412年刘裕征讨刘毅时，晋宗室司马休之占据荆州。他拥兵自重，由于先前就经营过荆州，颇得当地人心。东晋荆、扬二州，地广兵强，又是建康门户，对中央形成巨大威胁，这不得不让刘裕有吞并荆、扬的雄心。
公元414年，司马休之之子司马文思在建康招集轻侠，令刘裕十分厌恶。后来，司马文思欲谋杀刘裕，被刘裕发觉，刘裕将司马文思交给司马休之，让他处置，实质就是要司马休之将其处死。然而，司马休之并没有杀司马文思，只是上表废除其谯王爵位，并写信向刘裕道歉。这举动令刘裕对其大感不满，立刻就命江州刺史孟怀玉戒备。
公元415年，刘裕收杀司马休之在建康的次子司马文宝及侄儿司马文祖，并出兵讨伐司马休之，自加黄钺，领荆州刺史。
司马休之则上表刘裕罪状，派兵抵抗。当时雍州刺史鲁宗之自感不被刘裕所容，故与司马休之联结，合兵反击刘裕。刘裕亲自统兵出征，进驻江陵，但他的前锋徐逵之初战败于鲁轨，众将除蒯恩外皆战死。刘裕闻讯大怒，即可统兵渡江，鲁轨及司马文思率军在悬岸峭壁上列阵，令他难以登岸。刘裕与部将胡藩率兵冒险攀登，司马文思等竟不能抵挡，刘裕就乘对方后撤的机会登岸进攻，终击溃司马休之的军队。
四月，刘裕击败司马休之军四万人，攻克江陵，加领南蛮校尉。四月，刘裕率军直捣襄阳，荆、扬二州尽被吞并，司马休之及鲁宗之北投后秦。
司马休之势力的败亡，标志着自桓玄作乱以来的南方各大割据势力全部灭亡，南方归为一统。东晋境内，全由刘裕统治。此后，刘裕推辞太傅、扬州牧等官衔，仅接受剑履上殿、入朝不趋、赞拜不名的殊荣。（本章完，未完待续。）
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